第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们回忆起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走

故事从一位职业医生Jack的视角展开，主要讲述一架客机坠落在太平洋的孤岛上，共48名乘客侥幸生还。起初，人们庆幸生还，臺灣電影網期盼救援部队的到来，他们慢慢发现这个小岛，似乎曾经来过和他们一样的人们，他们的求救信号已经不停的播发了16年，但是，似乎没有人发现他们的存在……　　面对这种荒芜人烟的小岛，

在新一季中将出现更多的冒险经历，在开始的前6集中主要笔墨将集中在臺灣電影網Jack, Kate and Sawyer的囚禁故事当中，这样设计就好象让前流集形成了一个迷你电视短剧。另外，在第三季的故事中期将有一件比较大型事件发生，会让一些主角消失掉。 另一个重大转变就是第三季将更多的场景设在外面的世界