特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。在一次催眠中，他回忆到自己失踪多年的妹妹Samantha在他们还是孩童的时候被一种未知的力量带走，自此，他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。　　特别探员D

沿续上一季的剧情，我们的穆德当然战胜了死神。但史卡利的姐姐–玛莉莎却被误杀。目前为止，两位主角各失去了一位至亲的亲人。而内容方面，X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

本季始於X档案被终结，穆德与史卡利分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史卡利帮忙。由於演员姬莲安德森怀孕，製作人将剧情发展成史卡利被外星人绑架，消失了一阵子。当然，那时候我们的姬莲安德森跑去医院生产啦。在不断的寻找下，史卡利奇蹟似的被送回到一家医院，自此以后，X档案进入

自杀！？当然不可能啦。经过一暑假漫长的等待，原来穆德和史卡利串通好来骗癌人等人，以等待及发现新证据。本季发展越来越精彩，史卡利被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的小孩–艾蜜莉。今年製作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一

电影后的X档案怎么演，是所有影迷及电视评论家关注的焦点。这季的风评呈两极反应，有人喜欢，有人不喜欢。这一季多些喜剧，应该是说有非常多喜剧，让人捧腹大笑。但欢笑之余还是不能忘了X档案有重责在身，本季中间有两集是全剧六年来的大剖析。另外，大卫杜可夫尼自编自导了一集X档案。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源–X在今年死亡。另外一重大发展则是史卡利发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年